La Fiscalía General de la República reconoció que no resguardó de inmediato las cabañas donde se ocultaba Nemesio Oseguera Cervantes, debido a que no existían condiciones mínimas de seguridad para el personal. La institución informó que ya inició una investigación para determinar posibles irregularidades de servidores públicos en el manejo del sitio.
La dependencia señaló que, antes de asegurar los inmuebles, personas ajenas ingresaron y alteraron la escena, lo que pudo contaminar evidencias y romper la cadena de custodia. Indicó que la prioridad fue atender el operativo y garantizar la seguridad tras el enfrentamiento en el que el líder criminal resultó herido.