La Fiscalía General de la República abrió dos investigaciones por los hechos en Chihuahua: una por el narcolaboratorio desmantelado en la Sierra del Pinal y otra por la presunta participación de agentes de la CIA en operativos antidrogas. La indagatoria sobre personal extranjero se centra en posibles delitos relacionados con seguridad nacional, tras confirmarse su intervención junto a autoridades estatales.
Las investigaciones se iniciaron luego de la muerte de dos agentes estadounidenses en un accidente, junto con mandos locales, tras el operativo. La FGR analiza la información enviada por la fiscalía estatal para integrar ambas carpetas y determinar responsabilidades. El caso ha elevado la atención por la posible violación de leyes mexicanas en materia de soberanía y seguridad.